Экономичность УФ-системы определяется следующими факторами: стоимостью и сроком службы оборудования; электрический КПД; степень снижения стерилизующего эффекта при эксплуатации; затраты на электроэнергию и др. Экономический анализ системы ультрафиолетовой дезинфекции еще не завершен. Есть много аналитических отчетов с разными выводами. Есть мнения, что аппарат ультрафиолетовой дезинфекции потребляет много электроэнергии, а обслуживание и стоимость оборудования высокие. Для больших систем вложения в оборудование выше, чем у озоновой системы, а эксплуатационные расходы аналогичны расходам на озон; но для небольшой системы производства чистой воды капиталовложения ниже, чем для озонатора. Также есть мнения, что для объемов обработки в тысячи тонн / день и более капиталовложения и эксплуатационные расходы системы УФ-дезинфекции очень выгодны, поскольку они намного ниже, чем стоимость хлорирования и дезинфекции озоном. Например, есть отчеты с аналитическими данными о том, что при строительстве небольшого водоочистного сооружения с населением от 10 до 25000 человек примерное соотношение затрат на обеззараживание ультрафиолетом, диоксидом хлора и озоном составляет 1: 4: (8-9), для численность населения более 500 000 социальных организаций соотношение затрат составляет примерно 1: 2,5: 2,5.
Эти сметы не включают дополнительные затраты на удаление побочных продуктов дезинфекции и цист криптоспоридия при использовании процессов дезинфекции без УФ-излучения. Кроме того, данные анализа показывают, что инвестиционные и эксплуатационные расходы на ультрафиолетовую дезинфекцию ниже, чем на дезинфекцию хлором, а стоимость дезинфекции примерно вдвое меньше, чем у хлора, но разница уменьшается с увеличением шкалы очистки воды.
Во Франции и бывшем Советском Союзе ультрафиолетовая дезинфекция была ограничена небольшим оборудованием. Установленное крупное оборудование предназначалось для последовательной установки ультрафиолетовых ламп в магистрали фильтрованной воды. В Соединенных Штатах ультрафиолетовая дезинфекция также применяется к небольшому оборудованию и плавательным бассейнам и часто сочетается с другими дезинфицирующими средствами. Тем не менее, в практических приложениях сообщалось, что масштабы установок питьевой воды, использующих ультрафиолетовую дезинфекцию, превышают 1,5 миллиона тонн в день.